أمانة شئون الطلاب هي الجهة ذات العلاقة المباشرة بالطلاب والطالبات والقائمة على رعايتهم ومباشرة نشاطاتهم المتعددة بالإسهام في إعدادهم تربوياً واجتماعياً وثقافياً ورياضياً لترسيخ المبادئ والقيم السامية في نفوسهم وتوفير أسباب الراحة والاستقرار النفسي لتساعدهم على التفوق العلمي والتحلي بأخلاق ديننا الحنيف تحت إشراف متخصصين في مختلف المجالات .وحرصاً من إدارة كلية الخرطوم التطبيقية على توفير المناخ الأكاديمي الملائم للدراسة قامت بإنشاء مجموعة من الأمانات المستقلة المساندة التي تقدم خدمات خاصة للطالب الجامعي